ФТШ Алферова была основана в 1987 году группой ученых из Ленинградского Физико-технического института (ЛФТИ) имени А. Ф. Иоффе с целью формирования нового поколения исследователей, способных решать сложные и актуальные задачи современной науки и техники. Среди основателей школы целая плеяда академиков.